Elève de son père, le sculpteur Pierre Hébert et du sculpteur Jean-Jacques Feuchère, Émile Hébert entreprend une carrière construite autour de commandes publiques, de bustes et d’allégories conventionnelles reflétant l’éclectisme de son temps. Son activité s’étend du second Empire jusqu’au début de la Troisième République.
Une des commandes publiques les plus emblématiques du travail de l’artiste est destinée à la façade du théâtre du Vaudeville à Paris, pour lequel il réalise deux statues allégoriques en pierre « La Comédie » et « Le Drame ».
Émile Hébert participe au Salon de Paris de 1846 à 1893 en exposant des sculptures en bronzes. En 1859, il présente « Et toujours !! Et jamais !! » œuvre qui marquera profondément Baudelaire, admiratif de la capacité du sculpteur à transcender la matérialité et à représenter « le néant » et le « vide ». Cette sculpture met en lumière une facette singulière de l’artiste. En effet, Hébert a une fascination pour les sujets morbides et diaboliques dont le goût se développe avec la génération des sculpteurs romantiques.
Il participe également en 1855 à l'Exposition Universelle de Paris, où il présente une statuette de « Jeune fille sauvant une abeille ».